Ngày 19 tháng 8 năm 1920, các đại diện Mông Cổ đi đến Irkutsk và họp mặt với một đại diện của chính phủ Nga Xô viết tên là Gapon. Gapon cho biết Nước Nga Xô viết sẵn sàng giúp đỡ Mông Cổ, nhưng những người đại diện cần giải thích về mô hình chính quyền mà họ muốn thiết lập, họ muốn chống lại các lực lượng nước ngoài như thế nào và chính sách trong tương lai của họ. Vào đầu tháng chín, Danzan, Losol và Chagdarjav được gửi đến Moskva qua ngả Omsk, trong khi Sükhbaatar và Choibalsan ở lại Irkutsk để đào tạo quân đội và duy trì mối liên hệ giữa các đại diện tại Moskva và Mông Cổ. Bodoo và Dogsom được cử trở lại Khüree.

Trong lúc đó, Trung Hoa Dân Quốc đã tống giam một số thành viên và cảm tình viên của nhóm bí mật. Cuối năm 1920, các lực lượng Bạch vệ Nga dưới sự chỉ huy của Baron Ungern đã tiến vào Mông Cổ từ phía đông, và đến cuối tháng 2 năm 1921 đã chiếm đóng Niislel Khüree. Choibalsan và Chagdarjav đã trở lại Mông Cổ để thiết lập các mối liên hệ với những quý tộc có tư tưởng dân tộc và các lãnh đạo khác. Ngày 9 tháng 2, Sükhbaatar được bổ nhiệm làm tổng tư lệnh của Du kích Nhân dân Mông Cổ. Ông bắt đầu tuyển tân binh, và đến ngày 20 tháng 2 những người du kích đã đánh trận đầu tiên với quân Trung Quốc, các vụ chạm trán khác diễn ra trong những ngày tiếp theo. Tại đại hội thành lập Đảng Nhân dân Mông Cổ tại Kyakhta từ ngày 1-13 tháng 3 năm 1921, Sükhbaatar tiếp tục được bổ nhiệm làm tổng tư lệnh và được bầu vào chính phủ lâm thời mới được thành lập.

Ngay sau đại hội, chính phủ lâm thời và ủy ban trung ương đã giải phóng phần lãnh thổ Mông Cổ tại Khiagt từ quân Trung Quốc, và đến ngày 15 tháng 2 tối hậu thư được gửi đến nhà đương cục của quân đội Trung Quốc tại thị trấn. Chỉ huy Trung Quốc từ chối đầu hàng, và đến ngày 18 tháng 3, quân của Sükhbaatar đã chiếm được thị trấn. Ngày này hiện là ngày nghỉ chính thức của quân đội Mông Cổ, và thường được kỉ niệm tương đương với Ngày Bảo vệ Tổ quốc tại Nga. Chính phủ lâm thời chuyển đến phần lãnh thổ Mông Cổ tại Khiagt và bắt đầu thành lập Bộ Quốc phòng, Bộ Tài chính và Ngoại giao, nhưng sau một vụ hỏa hoạn phá hủy phần lớn thị trấn, chính phủ chuyển tới Altanbulag.

Vào cuối tháng 5 năm 1921, Khiagt đứng trước sức ép của các lực lượng do Baron Ungern cầm đầu và tiến về hướng nước Nga Xô viết. Cuộc tấn công này bị đẩy lùi vào giữa tháng sáu, với sự giúp đỡ của Cộng hòa Viễn Đông. Vào cuối tháng 6, Du kích Nhân dân và Hồng quân quyết định giải phóng Khüree. Họ tới thị trấn vào ngàu 6 tháng 7, và đã tiêu diệt nhiều nhóm quân nhỏ của lực lượng Ungern trên đường hành quân.

Vào ngày 11 tháng 7, một chính phủ mới được tuyên bố thành lập, Sükhbaatar trở thành Bộ trưởng Quốc phòng và quyền lực của Bogd Khan bị giới hạn ở mức biểu tượng.